Als letztes deutsches Bistum muss Limburg die Vergabe von Beratungsscheinen einstellen, die zu einem straffreien Schwangerschaftsabbruch berechtigen. Kamphaus selbst bleibt im Amt, aber Papst Johannes Paul II. übertrug die Zuständigkeit für die Schwangerenkonfliktberatung dem Limburger Weihbischof Gerhard Pieschl. Dieser gilt in der Abtreibungsfrage als romtreu und wird nun die Beratung neu ordnen. Durch die Ausstellung von Scheinen werde «auch die Kirche in das Geschehen der Abtreibung eingebunden», erklärte Johannes Paul II. in einem Brief an den Limburger Oberhirten: «Ich respektiere Ihren inneren Konflikt, aber das Ergebnis, zu dem Sie gelangt sind, kann ich nicht teilen.»

Bereits Anfang 1998 hatte Papst Johannes Paul II. die deutschen Bischöfe aufgefordert, die Vergabe von Beratungsscheinen zu stoppen. Es folgten über zwei Jahre hinweg immer neue Versuche der Bischofskonferenz, in Verhandlungen mit Rom einen Kompromiss auszuhandeln. Im Herbst 1999 setzte die Kurie dann jedoch das endgültige Aus für die Konfliktberatung nach staatlichen Vorgaben durch. Mit Ausnahme von Limburg beendeten daraufhin alle deutschen Diözesen ihr Engagement im staatlichen Beratungssystem.